種子島医療センターは、緊急の医療が必要な患者さんに医療を提供し命を守るため、1987（昭和62）年に救急指定病院の認定を受け、以来、365日24時間体制で、小児から高齢者まですべての救急患者を受け入れてきました。
時間外救急はもとより、現在、種子島で唯一の二次救急指定病院として、救急車で搬送される入院治療や手術を必要とする重症患者を、診療科の領域を問わず各科の専門医と連携をとりながら対応にあたっています。
特殊あるいは重篤な救急疾患といった対応が難しい患者については、鹿児島大学病院を始め鹿児島市の連携病院へドクターヘリで搬送し、万全な救急医療を提供するネットワークを構築しています。
消防隊との連携も密に行い、現場から連携病院へ直接ヘリを搬送し、迅速に状況判断を行い、救急対応できる体制も整えています。また、当センターは、種子島・屋久島等で構成される熊毛保健医療圏の災害拠点病院の指定を受け、DMATを養成し災害医療にも貢献しております。

当センターは二次救急医療機関として、次の中等症患者の救急診療にあたっています。最初の診療は当番医が行い、病態や緊急性などに応じてオンコールで各科の専門医に連絡し、救急チームが迅速に対応できる体制をとっています。

脳血管障害（脳卒中）、心疾患、不整脈、呼吸不全、敗血症、急性腹症、多臓器不全、交通外傷（重症を除く）、アナフィラキシー、意識障害ショック、失神、気管支喘息発作、急性中毒、熱傷、指肢切断、環境異常（熱中症、低体温）、一酸化炭素中毒 ガス壊疽など

なお、診察については、緊急度の高い患者さんを早期治療するため、診察前に問診を行い重症度や緊急性を判定し、診察の優先順位を決める「トリアージ」を実施しております。そのため診察順番が変わることもあり、先に来院された場合でもお待ちいただくこともあります。

DMATとは「災害急性期に活動できる機動性を持ったトレーニングを受けた医療チーム」と定義されており、災害拠点病院としての役割を果たすため、厚生労働省が行う養成研修を経て2014（平成26）年3月に結成されました。
当センターのDMATは、医師2名、看護師4名、業務調整員１名で編成され、定期的に技能維持訓練や実働訓練などに参加し、いつでも災害発生現場に医療チームを派遣できるよう、緊急事態に備えています。なお、2016年4月16日に発生した熊本地震では、当センターから支援物資とともにDMAT隊を派遣し、118名の患者さんを鹿児島県内の病院へ搬送し、分散避難いたしました。

当センターでは、研修医の離島医療研修において救急医療教育を行っており、指導医とともに研修医が診断を行うことがあります。また、高度救命救急士の挿管実習も行っており、毎年約２名の救急救命士が気管挿管技術を身につけた者として認定を受け、救急現場で活躍。心肺停止後の社会復帰率も年々上昇しています。
なお、医師のみならず、医療スタッフのスキルアップを図るため、救急医療の研修等を実施するほか、救急対応のトリアージナースの育成にも力を入れています。